Advanced search
 Log In | Get Help   
Home My Page Projects Code Snippets Project Openings transition state search using dynamics
Summary Activity Forums Tracker Lists Tasks Docs Surveys News SCM Files Wiki


Wiki Menu
Home Page
Recent Changes
Special Pages
Upload File
  

HomePage


Note: You are viewing an old revision of this page. View the current version.

Transition State Search Using Chemical Dynamics Simulations

(11/29/2018) A BUG THAT MIGHT CAUSE AN INFINITE LOOP IN THE KINETICS WAS FOUND. PLEASE DOWNLOAD THE 2018rev1 VERSION WHERE THIS HAS BEEN CORRECTED

Download code (tsscds-SOURCE-2018rev1.tar.gz) & tutorial (tutorial_tsscds.pdf)

License

Installation instructions

Program execution

How to cite the program

Research that employs tsscds

This program package has been designed to discover reaction mechanisms and solve the kinetics in an automated fashion, using chemical dynamics simulations. The basic idea is to obtain transition state (TS) guess structures from trajectory simulations performed at very high energies or temperatures. From the obtained TS structures, minima and product fragments are determined following the intrinsic reaction coordinate (IRC). Then, with all the stationary points, the reaction network is constructed. Finally, the kinetics is solved using the Kinetic Monte Carlo (KMC) method. The program is interfaced with MOPAC2016 and Gaussian 09 (G09), but work is in progress to incorporate more electronic structure programs.

Upload:pr2.png

Details of the method are described in these two publications: 1 2

Users are encouraged to read the tutorial (tutorial_tsscds.pdf), which is thought to guide you through the various steps necessary to predict reaction mechanisms and kinetics of unimolecular decompositions. To facilitate the presentation, we consider, as an example, the decomposition of formic acid (FA).

The program has been tested so far on the following Linux distros: CentOS 7, Red Hat Enterprise Linux and Ubuntu 16.04.3 LTS

Authors:

George L. Barnes, Sabine Kopec, Daniel Peláez, Aurelio Rodríguez, Roberto Rodríguez-Fernández, James J. P. Stewart, Saulo A. Vázquez and Emilio Martínez-Núñez

Departamento de Química Física
Facultade de Química
Avda. das Ciencias s/n
15782 Santiago de Compostela, SPAIN
emilio.nunez@usc.es

History of all major and minor edits by Emilio Martinez Nuñez to page HomePage.
Version Minor Author Summary Modified
297   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:10
296   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:10
295   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:09
294   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:09
293   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:09
292   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 16:08
291   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 10:29
290   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 10:29
289   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 10:28
288   major   Emilio Martinez Nuñez    18 April 2019 10:27
287   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:55
286   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:54
285   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:54
284   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:53
283   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:51
282   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:51
281   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:49
280   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:49
279   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:49
278   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:49
277   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:48
276   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:48
275   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:48
274   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:48
273   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:47
272   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:46
271   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:46
270   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:45
269   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:44
268   minor   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:44
267   major   Emilio Martinez Nuñez    18 March 2019 15:43
266   major   Emilio Martinez Nuñez    19 December 2018 23:26
265   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 December 2018 17:43
264   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 December 2018 17:42
263   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 December 2018 17:40
262   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 December 2018 17:40
261   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:36
260   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:36
259   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:36
258   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:35
257   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:34
256   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:34
255   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:34
254   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:29
253   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:29
252   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:28
251   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:26
250   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:19
249   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:18
248   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:18
247   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:17
246   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:16
245   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:15
244   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:15
243   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:14
242   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:12
241   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:12
240   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:11
239   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 23:09
238   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 21:33
237   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 21:33
236   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 19:36
235   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 19:35
234   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 17:36
233   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 17:32
232   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:06
231   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:06
230   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:05
229   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:05
228   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:04
227   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:04
226   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:04
225   minor   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:03
224   major   Emilio Martinez Nuñez    29 November 2018 14:02
223   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 5:14
222   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 5:12
221   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 5:02
220   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 5:02
219   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 5:00
218   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 4:59
217   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 4:58
216   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 4:57
215   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 4:55
214   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 4:54
213   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 0:17
212   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 0:16
211   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 0:14
210   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 0:14
209   minor   Emilio Martinez Nuñez    05 July 2018 0:14
208   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:52
207   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:52
206   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:51
205   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:51
204   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:50
203   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:49
202   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:49
201   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:40
200   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:40
199   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:40
198   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:39
197   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:38
196   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:36
195   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:35
194   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:34
193   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:34
192   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:31
191   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:31
190   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:31
189   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:30
188   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:30
187   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:29
186   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:28
185   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:25
184   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 23:24
183   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 22:11
182   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 22:07
181   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 22:01
180   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 22:00
179   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:59
178   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:59
177   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:59
176   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:56
175   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:53
174   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:49
173   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:47
172   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:46
171   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:44
170   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:42
169   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:40
168   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:39
167   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:39
166   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:39
165   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:38
164   minor   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:38
163   major   Emilio Martinez Nuñez    04 July 2018 21:26
162   minor   Emilio Martinez Nuñez    26 June 2018 4:26
161   major   Emilio Martinez Nuñez    21 June 2018 22:37
160   major   Emilio Martinez Nuñez    26 April 2018 21:13
159   minor   Emilio Martinez Nuñez    07 April 2018 18:01
158   major   Emilio Martinez Nuñez    07 April 2018 18:00
157   minor   Emilio Martinez Nuñez    22 March 2018 13:28
156   minor   Emilio Martinez Nuñez    22 March 2018 13:27
155   minor   Emilio Martinez Nuñez    17 March 2018 0:17
154   minor   Emilio Martinez Nuñez    17 March 2018 0:16
153   minor   Emilio Martinez Nuñez    17 March 2018 0:16
152   minor   Emilio Martinez Nuñez    17 March 2018 0:15
151   minor   Emilio Martinez Nuñez    17 March 2018 0:15
150   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:58
149   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:54
148   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:50
147   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:50
146   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:49
145   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:48
144   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:47
143   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:47
142   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:46
141   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:44
140   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:43
139   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:41
138   minor   Emilio Martinez Nuñez    16 March 2018 23:39
137   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 22:41
136   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 22:33
135   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:39
134   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:38
133   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:37
132   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:36
131   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:35
130   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:24
129   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:24
128   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:22
127   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:22
126   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:20
125   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:18
124   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:17
123   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:16
122   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:16
121   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:15
120   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:12
119   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:12
118   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:10
117   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:10
116   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:08
115   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:07
114   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 20:05
113   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 19:36
112   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 18:22
111   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 18:19
110   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 18:12
109   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 18:11
108   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 18:02
107   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:59
106   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:35
105   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:33
104   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:32
103   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:23
102   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:22
101   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:14
100   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:13
99   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:03
98   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 17:03
97   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:46
96   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:45
95   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:45
94   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:45
93   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:44
92   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:44
91   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:43
90   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:43
89   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:42
88   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:42
87   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:41
86   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:41
85   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:40
84   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:40
83   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:39
82   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:39
81   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:36
80   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:36
79   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:36
78   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:35
77   minor   Emilio Martinez Nuñez   uploaded tsscds_tutorial.pdf 15 March 2018 16:34
76   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:34
75   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:30
74   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:29
73   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:29
72   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:29
71   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:28
70   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:28
69   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:27
68   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:25
67   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:25
66   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:24
65   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:23
64   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:23
63   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:22
62   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:22
61   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:21
60   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:20
59   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:19
58   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:19
57   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:19
56   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:18
55   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:18
54   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:17
53   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:17
52   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:16
51   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:15
50   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:15
49   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:14
48   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:14
47   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:13
46   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:12
45   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:12
44   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:12
43   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:11
42   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:11
41   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:11
40   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:10
39   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:09
38   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:09
37   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:06
36   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:06
35   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:05
34   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:05
33   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:04
32   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:04
31   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:03
30   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:02
29   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:02
28   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:01
27   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:00
26   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 16:00
25   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:59
24   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:56
23   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:49
22   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:49
21   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:48
20   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:47
19   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:47
18   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:47
17   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:47
16   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:46
15   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:45
14   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:44
13   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:43
12   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:43
11   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:43
10   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:41
9   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:37
8   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:35
7   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:35
6   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:34
5   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:34
4   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:34
3   minor   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:33
2   major   Emilio Martinez Nuñez    15 March 2018 15:33