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[mareframe] Diff of /trunk/gadget/simann.cc
[mareframe] / trunk / gadget / simann.cc Repository:
ViewVC logotype

Diff of /trunk/gadget/simann.cc

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revision 19, Wed May 25 16:36:33 2016 UTC revision 20, Fri Apr 7 09:20:55 2017 UTC
# Line 436  Line 436 
436  //}  //}
437    
438    
439  #ifdef SPECULATIVE  #ifdef _OPENMP
440    //#ifdef SPECULATIVE
441  void OptInfoSimann::OptimiseLikelihoodOMP() {  void OptInfoSimann::OptimiseLikelihoodOMP() {
442    
443    //set initial values    //set initial values
# Line 738  Line 739 
739        x[i] = bestx[i];        x[i] = bestx[i];
740    }    }
741  }  }
742    //#endif
743  #endif  #endif
744    
745  // calcule a new point  // calcule a new point
# Line 803  Line 805 
805  }  }
806    
807  /// Represents the function that computes how good the parameters are  /// Represents the function that computes how good the parameters are
 double evaluate_f(const DoubleVector& params) {  
         double trialf;  
808  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
809    double evaluate_par_f(const DoubleVector& params) {
810            double trialf;
811          int id = omp_get_thread_num ();          int id = omp_get_thread_num ();
812          trialf = EcoSystems[id]->SimulateAndUpdate(params);          trialf = EcoSystems[id]->SimulateAndUpdate(params);
813  #else    return -trialf;
814          trialf = EcoSystem->SimulateAndUpdate(params);  }
815  #endif  #endif
816    double evaluate_f(const DoubleVector& params) {
817            double trialf;
818            trialf = EcoSystem->SimulateAndUpdate(params);
819    return -trialf;    return -trialf;
820  }  }
821    
# Line 1009  Line 1014 
1014  }  }
1015    
1016    
1017  void OptInfoSimann::OptimiseLikelihood() {  #ifdef _OPENMP
1018    void OptInfoSimann::OptimiseLikelihoodREP() {
1019    
1020          //set initial values          //set initial values
1021    
# Line 1035  Line 1041 
1041          EcoSystem->resetVariables(); //JMB need to reset variables in case they have been scaled          EcoSystem->resetVariables(); //JMB need to reset variables in case they have been scaled
1042          if (scale) {          if (scale) {
1043                  EcoSystem->scaleVariables();                  EcoSystem->scaleVariables();
1044  #ifdef _OPENMP  
1045                  int numThr = omp_get_max_threads ( );                  int numThr = omp_get_max_threads ( );
1046                  for(i = 0; i < numThr; i++) // scale the variables for the ecosystem of every thread                  for(i = 0; i < numThr; i++) // scale the variables for the ecosystem of every thread
1047                          EcoSystems[i]->scaleVariables();                          EcoSystems[i]->scaleVariables();
 #endif  
1048          }          }
1049          EcoSystem->getOptScaledValues(x);          EcoSystem->getOptScaledValues(x);
1050          EcoSystem->getOptLowerBounds(lowerb);          EcoSystem->getOptLowerBounds(lowerb);
# Line 1084  Line 1089 
1089          Siman s(seed, seedM, seedP, nvars, nt, ns, param, &x, &lowerb, &upperb, vm, t, rt, (1.0 / ns),          Siman s(seed, seedM, seedP, nvars, nt, ns, param, &x, &lowerb, &upperb, vm, t, rt, (1.0 / ns),
1090                          tempcheck, simanneps, fstar, lratio, uratio, cs, &bestx, scale, &converge, &score);                          tempcheck, simanneps, fstar, lratio, uratio, cs, &bestx, scale, &converge, &score);
1091    
1092          ReproducibleSearch<Siman, DoubleVector, ControlClass, evaluate_f, buildNewParams_f>          ReproducibleSearch<Siman, DoubleVector, ControlClass, evaluate_par_f, buildNewParams_f>
1093          pa(s, x, simanniter);          pa(s, x, simanniter);
1094    
 #ifdef _OPENMP  
1095          // OpenMP parallelization          // OpenMP parallelization
1096          int numThr = omp_get_max_threads ( );          int numThr = omp_get_max_threads ( );
1097          pa.paral_opt_omp(funcval,numThr,numThr);          pa.paral_opt_omp(funcval,numThr,numThr);
1098  #else          iters = pa.iterations();
1099    
1100    }
1101    #endif
1102    void OptInfoSimann::OptimiseLikelihood() {
1103    
1104            //set initial values
1105    
1106            double tmp, p, pp;
1107            double funcval, trialf;
1108            int a, i, j, k, l, quit;
1109            int rchange, rcheck, rnumber; //Used to randomise the order of the parameters
1110    
1111            handle.logMessage(LOGINFO,
1112                            "\nStarting Simulated Annealing optimisation algorithm\n");
1113            int nvars = EcoSystem->numOptVariables();
1114            DoubleVector x(nvars);
1115            DoubleVector init(nvars);
1116            DoubleVector trialx(nvars, 0.0);
1117            DoubleVector bestx(nvars);
1118            DoubleVector scalex(nvars);
1119            DoubleVector lowerb(nvars);
1120            DoubleVector upperb(nvars);
1121            DoubleVector fstar(tempcheck);
1122            DoubleVector vm(nvars, vminit);
1123            IntVector param(nvars, 0);
1124    
1125            EcoSystem->resetVariables(); //JMB need to reset variables in case they have been scaled
1126            if (scale) {
1127                    EcoSystem->scaleVariables();
1128            }
1129            EcoSystem->getOptScaledValues(x);
1130            EcoSystem->getOptLowerBounds(lowerb);
1131            EcoSystem->getOptUpperBounds(upperb);
1132            EcoSystem->getOptInitialValues(init);
1133    
1134            for (i = 0; i < nvars; i++) {
1135                    bestx[i] = x[i];
1136                    param[i] = i;
1137            }
1138    
1139            if (scale) {
1140                    for (i = 0; i < nvars; i++) {
1141                            scalex[i] = x[i];
1142                            // Scaling the bounds, because the parameters are scaled
1143                            lowerb[i] = lowerb[i] / init[i];
1144                            upperb[i] = upperb[i] / init[i];
1145                            if (lowerb[i] > upperb[i]) {
1146                                    tmp = lowerb[i];
1147                                    lowerb[i] = upperb[i];
1148                                    upperb[i] = tmp;
1149                            }
1150                    }
1151            }
1152    
1153            //funcval is the function value at x
1154            funcval = EcoSystem->SimulateAndUpdate(x);
1155            if (funcval != funcval) { //check for NaN
1156                    handle.logMessage(LOGINFO,
1157                                    "Error starting Simulated Annealing optimisation with f(x) = infinity");
1158                    converge = -1;
1159                    iters = 1;
1160                    return;
1161            }
1162    
1163            //the function is to be minimised so switch the sign of funcval (and trialf)
1164            funcval = -funcval;
1165            cs /= lratio;  //JMB save processing time
1166            for (i = 0; i < tempcheck; i++)
1167                    fstar[i] = funcval;
1168    
1169            Siman s(seed, seedM, seedP, nvars, nt, ns, param, &x, &lowerb, &upperb, vm, t, rt, (1.0 / ns),
1170                            tempcheck, simanneps, fstar, lratio, uratio, cs, &bestx, scale, &converge, &score);
1171    
1172            ReproducibleSearch<Siman, DoubleVector, ControlClass, evaluate_f, buildNewParams_f>
1173            pa(s, x, simanniter);
1174    
1175          // sequential code          // sequential code
1176          pa.seq_opt(funcval);          pa.seq_opt(funcval);
 #endif  
1177          iters = pa.iterations();          iters = pa.iterations();
1178    
1179  }  }
# Line 1102  Line 1181 
1181    
1182    
1183    
1184    
1185    
1186    
1187    
Legend:
Removed from v.19  
changed lines
  Added in v.20
root@forge.cesga.es
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